Die Pädagogische Hochschule Salzburg Stefan Zweig verfügt über fünf Institute, die zentrale pädagogische Kernbereiche abdecken:

• Institut für Fort- und Weiterbildung Primarstufe und Koordination Sekundarstufe I
• Institut für Fort- und Weiterbildung Sekundarstufe II
• Institut für Bildungswissenschaften und Forschung 
• Institut für Fachdidaktiken und Fachwissenschaften
• Institut für Gesellschaftliches Lernen und Politische Bildung

Alle fünf Instituten bemühen sich um die theoriegeleitete Zusammenführung der wissenschaftlichen Diskurse mit der schulischen Praxis.